DI-UMONS : Dépôt institutionnel de l’université de Mons

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(titres de publication, de périodique et noms de colloque inclus)
2014-02-01 - Divers/Autre - Français - 104 page(s)

Ali Nour, Wacquet Guillaume, Didry Morgane, Hamad Denis, Grosjean Philippe , "Utilisation conjointe de FlowCAM / ZooPhytoImage et de la cytométrie en flux. Premiers résultats et perspectives"

  • Codes CREF : Océanographie biologique (DI3191), Statistique appliquée (DI1133)
  • Unités de recherche UMONS : Ecologie numérique des milieux aquatiques (S807)
  • Instituts UMONS : Institut de Recherche sur les Systèmes Complexes (Complexys), Institut des Biosciences (Biosciences)
Texte intégral :

Abstract(s) :

(Français) L'objectif de cette étude est de déterminer comment il est possible de coupler des données issues du FlowCAM analysées à l'aide de Zoo/PhytoImage avec des mesures réalisées en cytométrie de flux (à enregistrement des profils optiques - Scanning Flow Cytometry), sur les mêmes échantillons des systèmes d’observation et surveillance en manche et sud Mer du Nord. Dans cette approche préliminaire, nous avons collecté une série d'échantillons au large des stations du SRN-REPHY d’IFREMER (Dunkerque, Boulogne sur Mer et Baie de Somme) ainsi que sur la radiale de la Baie St Jean (Wimereux-Slack) du LOG. Ces échantillons ont été numérisés avec un FlowCAM et un cytomètre de flux de type CytoSense. Les premiers résultats de cette comparaison sont détaillés dans le livrable. L'analyse complète grâce au FlowCAM et à Zoo/PhytoImage est détaillée dans le livrable. Afin d'avoir un meilleur point de comparaison entre l'analyse d'image et les profils en cytométrie de flux, une analyse locale au niveau du pixel a été entreprise sur les images. Cette analyse vise à détecter des patterns répétitifs (textures) analysés soit à l'aide des motifs locaux binaires, soit à l'aide des matrices de co-occurrence. En complément de l'analyse d'image déjà effectuée par Zoo/PhytoImage, il apparaît que les patterns binaires locaux ou les matrices de co-occurrence n'apportent qu'un gain marginal de 1 à 2 % dans la discrimination globale entre les groupes. Par contre, certains groupes (ex. : Chaetoceros sp, Pseudo-Nitzschia spp, ou encore Ditilum brightwellii, le gain est important avec une diminution de l'erreur de 15 à 50 %. Reste à approfondir la comparaison avec les données issues de la cytométrie en flux.